Syafii Antonio memperdalam bahasa Arab di Pesantren an-Nidzom Sukabumi yang dipimpin oleh KH Abdullah Muchtar, selama tiga tahun. Dia sempat menempuh kuliah di Institut Teknologi Bandung (ITB) dan IKIP, lalu pindah ke IAIN Syarif Hidayatullah dan melanjutkan kuliahnya di Universitas Yordania, atas kesempatan dari Muhammadiyah. Dia sempat ingin melanjutkan kuliahnya ke Universitas Manchester, tetapi batal akibat Perang Teluk, sehingga Syafii Antonio memutuskan untuk melanjutkan kuliahnya ke Universitas Islam Internasional Malaysia.