Yasonna memulai pendidikan dasar di SR Katolik Sibolga pada 1959. Enam tahun kemudian, usai tamat dari SR tahun 1965, ia melanjutkan ke SMP Negeri 1 Sibolga dan lulus tahun 1968. Di kota yang sama, Yasonna menghabiskan masa-masa SMA. Ia masuk ke SMA Katolik Sibolga pada 1968, dan lulus pada 1971.Cita-citanya yang tinggi membawanya pergi jauh dari rumah. Ia merantau ke Medan, belajar ilmu hukum di Fakultas Hukum Universitas Sumatera Utara (USU), Medan, lulus tahun 1978. Lima tahun kemudian, mulai tahun 1983 hingga 1984, ia mengikuti Internship in Higher Education Administration Roanoke Collegedi Salem Virginia, Amerika Serikat. Dilanjutkan dengan kuliah strata dua di Virginia Commonwealth University. Tahun 1986, Yasonna berhasil menyandang gelar Master of Science (MSc.) di usia 33 tahun.Dahaga ilmu tak membuatnya berhenti belajar. Di Negeri Paman Sam pula, ia meneruskan pendidikan strata tiganya di North Carolina State University, Amerika Serikat. Pada 1994, tepat di usia 41 tahun, Yasonna memperoleh gelar Ph.D. dari universitas tersebut.