Ia kembali ke Indonesia tahun 1983 dan menjadi salah seorang pengasuh Pondok Pesantren Dar al-Tauhid, yang didirikan kakeknya pada tahun 1933 sampai sekarang. Tahun 2001, ia mendirikan sejumlah lembaga swadaya masyarakat untuk isu-isu hak-hak perempuan, antara lain: Rahima, Puan Amal Hayati, Fahmina Institute, dan Alimat. Sejak tahun 2007 sampai 2014, ia menjadi Komisioner Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan. Tahun 2015-2020, ia menjadi anggota Dewan Etik Komnas Perempuan. Tahun 2008, ia mendirikan Perguruan Tinggi Institute Studi Islam Fahmina di Cirebon. Ia juga menjadi Pembina dan Inisiator KUPI, Anggota Majelis Musyawarah KUPI dan Penanggung Jawab Media Mubadalah.