Prof. Dr. H. Faisal Ismail, M.A. menamatkan jenjang pendidikan formalnya di Sekolah Rakyat Negeri (SRN) Prenduan, Sumenep (1959-seraya belajar di SRN Prenduan pada pagi hari, ia juga belajar di Madrasah Mathlabul Ulum di desa yang sama pada sore hari); Pendidikan Guru Agama Negeri Pamekasan (1963); Pendidikan Hakim Islam Negeri Yogyakarta (1966); Program S-1 Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Negeri (IAIN-sekarang: Universitas Islam Negeri/UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta (1973); Program Master of Arts (MA) di Department of Middle East Languages and Cultures, Columbia University, New York (1988- tesisnya berjudul "The Nahdlatul Ulama: Its Early History and Religious Ideology"); dan Program Doktor di Institute of Islamic Studies, McGill University, Montreal, Kanada (1995-disertasinya berjudul "Islam, Politics, and Ideology in Indonesia: A Study of the Process of Muslim Acceptance of the Pancasila".