Kuntowijoyo tidak hanya seorang sejarawan, tetapi juga seorang sastrawan dan budayawan yang produktif. Ia banyak menulis novel, cerpen, dan puisi yang seringkali menggabungkan tema-tema sejarah, agama, dan kritik sosial. Di bidang akademik, ia dikenal sebagai penggagas konsep "Ilmu Sosial Profetik", sebuah kerangka berpikir yang berupaya mengintegrasikan nilai-nilai transendental Islam dengan ilmu-ilmu sosial modern untuk mencapai transformasi sosial yang humanis dan membebaskan. Konsep ini menjadi salah satu kontribusi terpentingnya dalam khazanah pemikiran Islam kontemporer, menyerukan agar ilmu pengetahuan tidak hanya objektif tetapi juga memiliki dimensi etis dan transformatif.